Los fundamentos del Gimnasio Moderno, como proyecto pedagógico, así como los desafíos que enfrenta en la actualidad, luego de cumplir sus primeros cien años, son los siguientes:
1-Educar, no sólo instruir
2-Disciplina de Confianza
3-Autonomía y pensamiento crítico
4-Escuela activa
5-Conciencia social y ecológica
6-Rol del maestro y saber pedagógico
7-Vocación humanista y democracia
A su vez, los desafíos del proyecto son los siguientes:
1-Lengua materna y bilingüismo
2-Construcción de país y globalización
3-Cratividad, innovación y TIC
4-Sustentabilidad y cuidado del cuerpo
5-Ética y solución de conflictos
6-Memoria histórica y desarrollo