Los fundamentos del Gimnasio Moderno, como proyecto pedagógico, así como los desafíos que enfrenta en la actualidad, luego de cumplir sus primeros cien años, son los siguientes:

1-Educar, no sólo instruir

2-Disciplina de Confianza

3-Autonomía y pensamiento crítico

4-Escuela activa

5-Conciencia social y ecológica

6-Rol del maestro y saber pedagógico

7-Vocación humanista y democracia

A su vez, los desafíos del proyecto son los siguientes:

1-Lengua materna y bilingüismo

2-Construcción de país y globalización

3-Cratividad, innovación y TIC

4-Sustentabilidad y cuidado del cuerpo

5-Ética y solución de conflictos

6-Memoria histórica y desarrollo